Secara umum, Trans Jogja beroperasi dengan melalui rute-rute jalan utama di Jogjakarta, dan rute-rute yang dilalui berada di dalam kota Jogjakarta. Untuk lebih mempermudah penumpang dalam menghafalkan jalur, setiap 2 (dua) jalur akan melewati rute yang sama, dengan arah yang berlawanan. Misalnya: Jalur 1A akan melewati jalur yang kurang lebih sama dengan jalur 1B, hanya dalam perbedaan arah.
Jalur yang dilewati tidak selalu sama, ini dikarenakan kondisi jalan yang berbeda. Misalnya karena ada beberapa ruas jalan yang hanya satu arah. Kondisi lain yang perlu diketahui adalah bahwa tidak semua halte berada selalu berseberangan, walaupun rata-rata berada tidak jauh satu sama lain.
Contoh itinerary buat liburan di jogja
Hari 1 :
- Prambanan
- Ratu Boko
- Alun-Alun Selatan
- Malioboro
- Goa Pindul
- Pantai Indrayanti dan pantai sekitar
- Bukit Bintang
- Borobudur
- Museum Ullen sentalu
- Lava Tour Merapi
- Parangtritis
- Keraton
- Taman Pintar
- Benteng Vredeburg
- Pasar Beringharjo
